初乳蛋白质含量可达20～30g/L，为成熟乳的2～3倍，其中近90%的蛋白质是乳清蛋白，其氨基酸模式最接近婴儿需要，此外，初乳蛋白质中富有免疫球蛋白及细胞因子，如分泌型SlgA、白细胞介素、乳铁蛋白、脂肪酶、溶菌酶等，对出生婴儿的免疫系统、肠道成熟和消化吸收都很有帮助。
初乳含有丰富并种类繁多的低聚糖（益生元），这些低聚糖可作为肠道中双歧杆菌、乳酸杆菌等益生菌的代谢底物，促进益生菌的定植和生长，有利于婴儿快速建立正常的肠道微生态环境。正常肠道微生态环境的建立既可提高肠黏膜屏障的作用，有效减少异原蛋白质大分子暴露，又能很好地刺激肠道免疫系统平衡地发展，是预防过敏性疾病发生的重要保障。另外，正常肠道菌群建立还有利于维生素，特别是维生素K的合成。
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